El Departamento es el responsable de velar por la inocuidad de los alimentos no procesados de origen animal e hidrobiológico, miel, leche y huevo para consumo humano. Controla la inocuidad de los alimentos que se consumen en el territorio nacional y los que son exportados a otros países.

El departamento a través de las diferentes secciones controla la inocuidad a través de inspecciones, auditorías y muestreo en los establecimientos de almacenamiento, acopio y transformación. Estos controles se basan en normativa nacional e internacional.

El departamento realiza un muestreo nacional de contaminantes microbiológicos y residuos químicos para controlar estos peligros en los alimentos que se consumen en Guatemala y los que se exportan a otros países. Actualmente el sector hidrobiológico y miel está exportando a la Unión Europea, Asia y algunos países de América.

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